1644年，李自成攻破北京，崇祯帝朱由检在煤山自缢身亡，大明灭亡。北京沦陷后，明朝宗室大臣跑到南京，继续建立了南明政权，占有江淮、江南和西南大部分地区。南明就像东晋继承西晋，南宋继承北宋，只是存在时间较短，不过占有的土地可并不小。

南明存在了18年，历经弘光帝、隆武帝、绍武帝、永历帝，还有一个监国鲁王，以后还有明郑时期。在南明初期，南明拥有雄厚的军事力量，足以与满清、大顺争雄，但这个小朝廷的争斗不休、混乱让它走向了灭亡。

弘光帝朱由崧

朱由崧是明神宗朱翊钧的孙子，袭封福王，是南明的第一任皇帝。

北京沦陷崇祯帝自缢，但淮河以南还属于明朝，陪都南京还有一套完整的朝廷机构。南京的朝廷缺少的是一个皇帝，正好大明的嫡系子孙福王朱由崧和潞王朱常淓在北京沦陷后跑到了淮安城。朱由崧是明神宗的孙子，朱常淓是明神宗的侄子，史可法、张慎言、钱谦益等主张拥立朱常淓，马士英在江北总兵高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐的支持下，拥兵迎朱由崧进入南京。朱由崧先被推举为监国，后正式即位，年号为弘光。

南明弘光时期，有江北四镇兵力，还有左良玉的大军，号称百万。可是，这个政权建立之后，坚持与大顺为敌，朱由崧沉湎酒色，内部又党争不断，仅仅坚持了一年。清军攻破扬州后，南京危在旦夕，朱由崧逃奔芜湖。清军进军南京时，南京大臣献城投降，外逃的朱由崧也被俘获送到北京。

弘光政权有南京的依托，是南明唯一一个统一的领导政权，南京沦陷后再也没有了统一的政权。弘光帝被俘虏后，潞王朱常淓、伪太子王之明、益王朱慈炲、靖江王朱亨嘉等人纷纷宣布监国，但都是昙花一现就被清军击溃，在北京的朱由崧和随后投降的朱常淓等人也都被杀。

隆武帝朱聿键

朱聿键是朱元璋九世孙，南明的第二位皇帝，是南明少有的有作为的皇帝。

弘光帝被俘虏后，最被给予厚望的是潞王朱常淓，但他投降了清朝。朱聿键在郑芝龙等人的拥护下在福州担任监国，后正式称帝，改元为隆武。

隆武帝朱聿键称帝后，由于消息阻隔，鲁王朱以海也在绍兴担任监国。这两方政权之间互相争斗不止，隆武政权内部又被郑芝龙家族架空，郑氏横行霸道，使得南明内部混乱，真正忠于隆武帝的也只有郑成功了。隆武帝虽然是个比较英明的皇帝，锐意进取，他想要北伐以挽颓势，拥有大军的郑芝龙根本理也不理，只想割据一方。面对这样的局面隆武帝毫无办法，最终郑芝龙降清，清军一路大胜，隆武帝被俘虏后自尽。

绍武帝朱聿鐭

朱聿鐭是朱元璋九世孙，隆武帝朱聿键的弟弟，南明第三位皇帝。

隆武帝死后，朱聿鐭在广州自立为帝，年号绍武。没几天，南明其他势力又拥立朱由榔为帝，两方势力为争夺正统再次大打出手。两人互相残杀时，清军大举南下，朱聿鐭被俘虏。朱聿鐭是一个很有气节的皇帝，面对李成栋送来的饭食，断然拒绝，声称“我如果喝你的一勺子水，有什么面目见先人于地下呢！” 自缢殉国而死，绍武政权仅仅存在40天。

永历帝朱由榔

朱由榔是明神宗朱翊钧的孙子，朱由崧的堂弟，南明末代皇帝。

隆武帝死后，明神宗直系后裔朱由榔被推举为监国。当时隆武朝大臣已经拥立朱聿鐭为监国，并且先称帝，朱由榔也随之称帝，年号为永历。两帝并立，两个政权相互厮杀，清军却趁势南下，绍武政权覆灭，朱由榔也跑到了广西。

永历帝朱由榔在位16年，是南明在位时间最长的皇帝，这完全得益于当时的抗清高潮。李自成死后，大顺军联合南明抗清，张献忠死后，大西军加入南明，再加上鲁王政权以及东南沿海郑成功的支持，南明政权得以偏安一隅。这一时期，夔东十三家、晋王李定国、张煌言、郑成功等坚持与清军斗争，取得了多次大捷。不过这些势力并不是一个统一的势力，尤其是孙可望降清后，西南已不保。永历帝跑到缅甸后，被缅甸王收留，却与李定国、白文选失去联系，李定国再也没能接回永历帝。

在大西军节节败退后，缅甸王选择了与清军合作。吴三桂攻入缅甸时，国王莽达的弟弟发动政变杀兄即位，又邀请永历政权群臣饮咒水盟誓，以结友好。咒水之难，永历帝明知有危险，但寄人篱下身不由己，不得不去，大臣随从基本全部被杀，黔国公沐天波也夺刀抵抗至死，只剩下永历帝几人。后来，迫于吴三桂的压力，莽白又把永历帝交给了吴三桂带回昆明，最终永历帝被吴三桂心腹吴国贵用弓弦勒死。

鲁王朱以海

朱以海是朱元璋的十世孙，他的表现完全不输于南明其他皇帝，同样的耀眼，为大明战到了最后。

南京沦陷后，弘光帝被杀。唐王朱聿键被拥立为隆武皇帝，鲁王朱以海也随后被拥立为监国。隆武帝一方已经得到明朝残余的各地势力认可，但拥护鲁王的大臣依然坚持拥立鲁王，两方为此交战，被清军各个击破，鲁王在张煌言等人保护下逃亡海上。

隆武朝覆灭后，朱由榔被推举为永历帝，获得明朝残余势力的认可。这一时期，鲁王势力也是声势大振，他手下大将张明振、张煌言等率军三入长江威震天下，在舟山群岛有了一个复兴基地。舟山被攻陷后，朱以海去投奔了郑成功。郑成功是隆武帝的坚定支持者，被赐为国姓朱，俗称国姓爷，他非常不满朱以海以前与隆武帝自相残杀，但对这个大明王室他还是以礼相待，把他安排在了金门。其后鲁王因为与郑成功发生冲突，自去监国称号。永历政权覆灭后，张煌言要鲁王称帝，但郑成功不支持只能作罢。在郑成功死后，鲁王一度无人供奉，最终病逝在金门。

余部斗争

1662年4月，永历帝父子被弑杀，南明灭亡。南明已灭人心还未灭，明朝还有余部继续斗争。

永历帝身死，对南明势力影响太大了。五月郑成功急病而亡，六月晋王李定国忧愤而死，十一月鲁王病逝，这一连串的打击使得明朝大势已去，但抗清还在继续。郑经接手了台湾，仍用永历年号，在1664年迎宁靖王朱术桂到台湾监军。

这时，大陆上还有最后的义军，夔东十三家。夔东十三家一直在斗争，但这支坚持了21年之久的起义军在1664年八月失败了，首领李来亨宁死不降，举家自焚，大陆最后一支义军覆灭了。同年，眼见大明再无回天之力的张煌言解散了义军，七月他被清军俘虏，九月初七，身着大明服饰的张煌言几人被押赴刑场，恍若隔世。一个没有名字的史学家评价张煌言，“自丙戌至甲辰，盖十九年矣，煌言死而明亡”，明朝在大陆终于覆亡了。

自张煌言之后，只有台湾的明郑了，明郑依然奉大明正朔，使用南明纪年，坚持了二十多年。1681年，郑经去世，遗命让长子郑克臧继承延平王。冯锡范和郑经的弟弟郑聪等人却谋杀了郑克臧，拥立了年幼的郑克塽为延平郡王。康熙趁着郑氏内乱，派施琅征讨台湾。1683年，郑克塽降清，宁靖王朱术桂带五妃自杀殉国，最后一支抗清势力覆灭。