时光回溯，回到 1990 年的 11 月那一段日子，虽然任天堂的新主机 SFC 已经正式见面，不过对于 CAPCOM 来说，眼前的旧时代主机 FC 仍旧是主力战场……不过随着时间的推移，对 SFC 的性能逐渐得到了掌握，再加上《街头霸王 2》以及迪士尼版权游戏等新平台作品的开发，1993 年的最后一个月，CAPCOM 总算完全踏进 16 位的新世界。而就在这值得纪念的时刻，《洛克人 X》第一作便正式与玩家见面。

作为人气动作游戏《洛克人》系列的分支作品，《洛克人 X》第一作不仅紧接着《洛克人 6》的发售日子，在短短一个月之内便为玩家带来另一种的洛克人冲击，更是在往后的日子内成为本社第二畅销的 SFC 游戏（官方销量榜排名 65 位），人气之高显而易见。

不过最重要的是《洛克人 X》塑造了一个成熟的、值得玩家反复思考其背后意义的科幻游戏新系列。毕竟比起元祖《洛克人》那种小打小闹善恶分明的剧情，《X》系列的故事大纲一下子就抛出了机器人与人类的共存关系、机器人是否应该独立、什么行为才能算是错误这三大问题，外加官方没在这些问题上作过多解答，使得《X》系列的立意一下子变得更为高大上了。

当然，《X》系列的主线故事还是很有意思的，但由于分量还是比较多，因此本次《洛克人 X》剧情分析将会分为两部分，双主角 X 和 ZERO 到底有着怎么样的秘密，系列大反派西格玛又是如何成长的，机器人社会又和元祖系列有着哪些不同之处……这些疑问将会在本文中得到一定的解答。

起源：思考型机器人的最后之日

按照常规方向来说，一个游戏系列的剧情一般都要从第一作开始，但或许是因为 CAPCOM 的野心在作怪，1996 年发售的《洛克人X》PC 版本中收录了名为“凯恩博士的日记（ケイン博士の日記）”的游戏特典，将《X》的剧情时间线一下子推前了 4 年。

凯恩博士是什么人？他是《洛克人》系列的关键——思考型机器人（レプリロイド，Repliroid）的创造者，同时也是将莱特研究所遗迹中所发掘到的谜之机器人“洛克人 X”重新启动之人。只是官方并没在游戏内为他添上任何戏份，一切关于凯恩博士的故事，只能从他的日记中逐一探知……

21XX 年 4 月 10 日，凯恩博士经过了数日的探索后，总算在 E-46 地点附加发现埋藏在地底的莱特研究所遗迹，并且发现了那名 100 年前被誉为“机器人工学之父”的莱特博士所留下的信息。凯恩博士虽然自认技不如人，但他看到这些被遗留下来的信息之后，坚信着这会对未来机器人发展有着重大的改变。

《X》OP中曾出现过“2114”的年份字样，几乎可以确定游戏故事是在2114年之后发生的

同时在这些信息之中还表明了，莱特博士他为世界制作了一个具有人类般的思考模式，会做出对机器人三大定律产生烦恼、疑问等“危险”行为的机器人，这就是拥有着无限可能性、同时也隐藏着无限危险性的“X”。

在回收 X 的 7 个多月之后，即 11 月 22 日的那天，凯恩博士基于 X 的设计，成功制造出第一台思考型机器人。尽管最终还是没能完全掌握到莱特博士所设计的思考系统，但是经历了若干的修改加工之后，凯恩博士的思考型机器人也可以达到独立思考的阶段。然后时光飞转，隔年 5 月的期间，凯恩博士已经完成了许多台思考型机器人，并且能让他们完成一些高难度的工作。

过程进行得十分顺利，这让凯恩博士看到了属于思考型机器人时代的来临。只是天有不测风云，7 月中旬之时，有三台机器人发生了异变（イレギュラー，irregular），这已经是自成功研发第一台思考型机器人以来所发生的第三回异变事件了。察觉到机器人异变的人们提出了反对声音，认为应该中止生产思考型机器人，但凯恩博士却觉得这不正是人类过于依赖机器人的证明么？加大生产量是必须的，不过异变的问题的确不容忽视，只能在下一批机器人中加入更新型的思考回路了。

11 月 20 日，政府就思考型机器人异变一事作出了判决，那就是成立猎人组织（「ハンター」グループ），其任务是在尚未危及人类安全之前消灭那些异变的机器人。此时此刻凯恩博士新制造的最完善思考型机器人机器人“西格玛（シグマ）”成为了组织的领导人，他能够应对各种问题，这下异变的情况会得到缓解了吧？

事实也的确朝着美好方向发展：西格玛所带领的反乱猎人（イレギュラーハンター）在两年以来解决了不少案件，稳固了社会的和平；而在西格玛精英部队——第 17 部队担当队员的 X 则与同队好友 ZERO 一起继续为和平而奋斗，当然 X 依旧在进行各种人生思考，在其他队员眼中显得尤为天真。

但是好景真的是不长久，那个西格玛竟然因为自身那高性能的智慧，将机器人的连续异变以及机器人自身的进化能力停止等问题归咎于人类，久而久之便产生了将消灭人类的偏激思维，也就是世间所说的异变。西格玛借着在猎人组织的影响力，带走了部队中不少精英级别的反乱猎人成员，剩下的人除了 X 和 ZERO 之外都是战五渣级别（即游戏内没有相关描述），因此阻止西格玛叛乱的任务就落在了这两人身上，持续了数十年的战争就此开幕……

《反乱猎人X》里的凯恩博士

凯恩博士的日记并不是什么长篇的剧情内容，却在系列整体的故事层面上发挥着很大的作用，他的存在至少能让玩家稍微理清了《洛克人 X》那略显混乱的故事开端。不过要提醒的是，在后来那款以《X》为基础的重制游戏《反乱猎人 X》里，CAPCOM 竟然吃设定了。由于西格玛的叛变，凯恩博士被导弹给炸死了，明明人家在后来的《X2》《X3》中还活生生登场呢……

所以《反乱猎人 X》究竟发生了什么事情，有着怎么样的剧情变化，其实都可以纳入到平行世界那套理论之中，这里就不做探讨了。

洛克人豆知识

关于 X 的身世一说，坊间留言说是《洛克人》系列主角的再改造姿态，不过从莱特博士留下的信息以及《X》OP 所标识出的 X 装备武器洛克破坏炮 Mk.17（Rock Buster Mark 17，通称 X-Buster）来看，X 并非是再改造机器人，而是元祖洛克人的后续机体。这个设定也为往后的剧情埋下了一个不知道能否算作伏笔的伏笔（该伏笔官方未证实）。

X：反乱猎人X真正的成长

在西格玛叛变的同时，他还释放了原本是第 17 部队队员，后来应犯罪被逮捕的特 A 级反乱猎人 VAVA，基于同队的关系，这也说明了为什么 VAVA 会对 X 和 ZERO 会有迷之执着。同时由于 VAVA 是特 A 级的实力，和他同样强的有西格玛和 ZERO 等人，只有 B 级的 X 还不足以与 VAVA 正面对抗，更何况他一开始还坐在辅助机器人“突击装甲（ライドアーマー）”上，正面战斗的话基本上毫无胜算。

幸好就在危机一发之时，ZERO 利用他的破坏炮救出了 X，而 VAVA 则成功逃离现场。目见 VAVA 乘坐着飓风猎鹰（ストームイーグリード）的新型空中战舰离开，ZERO 提议自己去寻找西格玛的隐藏基地，而 X 则趁着这段期间收拾飓风猎鹰在内的其他异变反乱猎人，进而提升那股潜在的、能够足以对抗西格玛的无限战斗力。

终于在一番努力后，X 在击败了部分反乱猎人的同时，也获得了迷之博士（莱特博士）所留下的强化装甲（和波动拳），一下子就变得超强的。此时 ZERO 也终于找到了西格玛的基地，一场恶战在所难免。

然而挡在他们面前的却是那个强敌 VAVA，ZERO 只好挺身而出与其一战。也不知道是不是剧情需要的缘故，特 A 级的 ZERO 竟然被困住了，而面对 VAVA 那强化过的突击装甲，即便是打败了八大 BOSS 的 X 也似乎不是对手……

就在此时，ZERO 他爆发力量，突破了电磁牢狱的限制，抓住了 VAVA 的突击装甲然后启动自爆程序，将装甲彻底炸成碎片。失去了突击装甲的 VAVA 不再是 X 难以逾越的一座大山，他很快就被 X 解决掉了。但即便打败了 VAVA，受到自爆影响而失去身体的ZERO最终也没能救回来。

临走之前，ZERO 将自己的破坏炮移植到 X 身上……但 X 本身是思考型机器人的原型机体，且还是 100 多年前的产物，按理来说身上的部件适应性是独一无二才对，为什么会和 ZERO 的部件有共同性？这背后究竟……

但这并不是伤心的时候，即便是打倒了 VAVA，身为黑幕的西格玛仍在威胁着地球的和平，不过以现在 X 的实力相信能够将这股威胁彻底消除吧。最终经过了一番死斗之后，西格玛因为轻敌而被 X 毁灭，基地本身也受到了严重的破坏而沉寂于大海之中。

X 默默地看着基地的毁灭，脑海中回想起西格玛临终前的那番话：我们思考型机器人的时代明明就要即将来临，为什么你却要与我（们）作对。异变的机器人，为什么要和他们不断战斗下去呢？X 想不透这个道理，也没有人告诉他正确的答案，唯一能做的，就是用手上装备的 X 破坏炮去追寻自己能够认同的真理了……

X2：ZERO复活，二人再叙

在消灭西格玛的半年期间，X 代替了西格玛的位置，成为了第 17 部队的队长，继续负责处理异变机器人的相关任务，而猎人组织的总指挥权限，则是交由凯恩博士来处理。某一日，X 与他的队员来到了一家秘密工厂进行任务，根据情报表示，这工厂的生产线是用来制造一种似乎是用了西格玛数据的特殊芯片，装载该芯片的机器人会变成异变机器人，此行的目的就是处理这家工厂。

然而 X 没预料到的是，这次的行动只是背后的黑手——反击猎人（カウンターハンター）三人组的一次试练。反击猎人并不算什么全新敌人，他们正是西格玛旗下的精英成员，西格玛消失之后，他们便开始行动继续完成西格玛的最终目的。

同时，反击猎人还得知此前的 VAVA 战中，ZERO 并没有因为自爆而死亡，脑部芯片一点事都没有，但是身体却因为爆炸而四分五裂，所以他们秘密收集了 ZERO 的部件，然后在《X2》故事的早期将其复活成功，而背后的那个大人也……

不过反击猎人和西格玛一样犯了同样的错误，那就是低估X的真正实力，于是他们按耐不住，以 ZERO 配件作赌注，主动向 X 发动挑战。

这里有个分支剧情，要是没主动挑战反击猎人的话，最终关会多出一场与ZERO的对决

正所谓不作死就不会死，就算三人组全力以赴，也没能够干翻 X，还被 X 收集齐 ZERO 的配件，真的是失算。不过得益于三人中最具头脑、最具开发力的萨格斯（サーゲス）的研发实力，在复活 ZERO 的同时，也把西格玛一并复活了，这下可以完全执行思考型机器人的乐园计划了。

传统的最终决战再度来临。这一次虽然没有了 ZERO 的协助，但经历了多次战役，已经成长到可以独当一面的 X 没有什么可以害怕了，于是他一人前往反击猎人的基地，把他们的计划给彻底捣破。

不过当 X 击破萨格斯的强化坦克之后，萨格斯留下的遗言让 X 十分在意。“居然再一次被莱特的遗物机器人给打败，太不甘心了……”这番话到底是什么含义呢？而且萨格斯居然能恢复那个连凯恩博士都没有头绪的 ZERO 的身体机能，结合这段话的字面意思，难道他和 100 多年前的那个疯狂科学家有着什么藕断丝连的关系吗？

可惜的是，萨格斯的真实身份到最后也没能得到答案，X 只能将其抛诸于脑后，继续清除反击猎人的残党。此时此刻西格玛也总算有露面的想法，虽然对于西格玛还活着这事感到很震惊，X 还是为了消灭一切威胁而照着西格玛的指示来到了超大型中央电脑内部。

在中央电脑的中心部分，X 看到了西格玛这个熟悉的身影，同时旁边还站着身着灰黑色装甲，一头银色长发的机器人——ZERO！不过 X 他知道眼前的 ZERO 是个假货，西格玛还得意洋洋地向他介绍着这个假货是自己的新伙伴，然而当真正的 ZERO 前来救场之时，西格玛最终也走向了败北的道路。

不过这回西格玛其实并没有完全复活，身体没有了只剩下一堆数据，个中原因也许是因为之前萨格斯把精力都放在了 ZERO 的研究上了吧？料到自己会败北的西格玛不以为然，但他在消失的同时留给了X这么一番话：ZERO 是最后的威利机器人（Dr.Wily’s Numbers），为什么还会与我……

尽管官方没说明，但从《X3》可以得知，《X2》西格玛最终形态就是西格玛病毒本体

共同和平的世界，曾是以前一位科学家所不断期盼、进而努力实现的乌托邦，然而如今人类与机械，两种水火不容的生命体却在互相斗争……X 的战斗仍在继续着，不过有了 ZERO 的回归，相信世界和平的愿望会更容易实现吧。

洛克人豆知识

关于 ZERO 的真正身份问题，相信只要有接触过《洛克人》系列的玩家都知道，他就是威利博士在 100 多年前制造的战斗型机器人，拥有比佛鲁迪更强大的战斗力。但不知道为什么当时 ZERO 并没有正式启动，也无从得知为什么会在 100 多年后复苏。不过根据西格玛当初的回忆，说是自己打倒发疯的 ZERO，然后将他纳入到自己的部队当中，再加上《X2》西格玛的那番话和系列后期的故事，也许就是在这个时候，西格玛被 ZERO 的隐藏机能所影响的吧？

同时按照官方的初期设定方案来看，ZERO 在一开始是有配备光剑的，但光剑的装备却是在《X2》改造完毕之后才出现的；而在《X》初期的 ZERO 是没有方形肩甲，这点同样是《X2》才新增的，且有趣的是到了后来《洛克人 2：力量战士》里威利博士所提到的 ZERO 黑影，恰好有着方形肩甲。种种迹象表明，《X2》重生后的 ZERO，也许就是 ZERO 原本的造型，这么一来不得不让人再次好奇，将 ZERO 复活的萨格斯究竟是个什么样的狠角色。

萨格斯

至于往后黑色 ZERO 的出现，算是《X2》留下的小彩蛋吧。

X3：梦魇降临！西格玛真实身份竟是……

在《X3》故事开始之前，是有一段小插曲的，那就是 GB 平台上的《洛克人 X 电子任务》（サイバーミッション）。

作为和《洛克人世界》同等性质的掌机游戏，《电子任务》采用了一个回忆杀的剧情主线：某一天猎人组织的主电脑遭受入侵，幕后黑手想都不用想肯定是系列大反派西格玛，X 只好潜入到虚拟的世界中，再度与过去的对手展开一番交战。剧情其实没什么好说的，不过在系列时间线上，本作是最早提出使用共通 CPU 制造的同类型机器人这么一个概念，也就是后来《X3》《X4》剧情当中所涉及到的兄弟机体。

回到《X3》的剧情上。距离《X2》的结局已经有好长一段时间了，思考型机器人社会也 X、ZERO 等反乱猎人的维护下发展到新的高度，而这个高度的证明便是那座由成功发明异变抗体的天才科学家机器人“多普勒博士（ドップラー博士）”所创造的理想都市——多佩尔（Doppel Town，doppel 为德语二重分身的意思）。

多普勒博士

然而即便拥有发明异变抗体这种天下无敌的才华，多普勒博士最终还是按照国际惯例异变了。他的所作所为就和很多年前的西格玛一样，将两名实力超群的梦魇警察（ナイトメアポリス）作为左右手，并带走了不少反乱猎人（包括 ZERO 所带领的第 0 部队副队长），且还手贱地把 VAVA 从地狱中召回到人间了，真是套路满满。

同时受到了多普勒军团的袭击，不仅多佩尔变成了火海，猎人组织基地也遭到了严重破坏，ZERO 虽然可以给与 X 协助，但主要任务是进行基地的修复工作，这次任务基本上还是 X 独立解决。

多普勒博士目睹了 X 的战斗，不禁怀疑以他的实力居然可以成功打倒西格玛两次（实际是三次）的这个事实。但他这回并没有像前人那样低估主角，而抱着科学家的研究之心，多普勒博士派出了梦魇警察，目的是为了把 X 捉住。另一方面，进化成 Mk.2 的 VAVA 也开始着自己的复仇计划……

尽管敌人的野心很足，但 X 也不再是当年的那个 B 级猎人，人家可是组织里的头号 ACE 级别人物啊，和 X 单挑会是什么下场相信也不用多说了。然而X并没有出尽全力，无论是梦魇警察还是 VAVA 本人，都只是被 X 击退，没有受到什么致命伤害，看来 X 在多年来的战斗当中，掌握到一些两全其美的攻击技巧了（《X3》设定之一，用弱点武器击败特定 BOSS 会对后期 BOSS 阵容产生一定变化）。

与此同时，凯恩博士通过收集那些异变机器人残骸中的内部记忆芯片，发现了多普勒博士正在制造一副集齐各种 BOSS 特殊能力、可谓拥有最强实力的机械身体。由于多普勒本身不是战斗用的，凯恩博士最初也以为这幅身体是为他自己而打造，结果隐约发现事实并非如此，这幅身体更像是为了谁而量身定做似的。对此 X 和 ZERO 第一时间联想到的就是西格玛，恰好疑似多普勒博士的基地出现在了 D 地点，只有前往该地方一探究竟了。

最终经历一番不算太艰巨的战斗，X 总算见到了多普勒博士本人。可能终究只是一名科学家而不是一名征服世界的野心家，多普勒博士搞了那么多事情，结果还是单纯地想将 X 收归到西格玛靡下，实现西格玛的思考型机器人世界这个愿望。X 当场拒绝了这个荒谬的请求，并将多普勒博士打至半残，所幸就在这时，多普勒博士的异变状态居然消失了，这究竟是怎么回事？！

原来西格玛操控的机器人并非是出自自己的意识，而是感染了程序病毒，这病毒的来源正是西格玛本人！多普勒博士之所以会做尽各种坏事，也是受到西格玛病毒（Σウィルス）的影响。现在博士制造的最强机械身体估计已经被西格玛夺取了，只要打倒那幅身体，战斗就结束了。

拥有各种特殊能力的最强机械身体，可以说是天下无敌，打倒 X 不再是梦想，西格玛内心是这么以为，于是附身于这幅身体与 X 战斗。只是面对手持 Z-Saber 的 X，西格玛根本没有还手之力。恼羞成怒的西格玛不能理解为什么做到这个地步，还是赢不了 X，果然征服世界的话只能依凭到 X 身上了……就在这千钧一发之时，多普勒博士突然出现，利用自己开发的抗体抑制住了病毒状态下的西格玛，最后留下对不起 X 的遗言之后与西格玛一同卷进自爆的烈焰之中。

看着被毁灭的基地，X 依旧思考着以前曾思考过的无解疑问，然而他不知道的是，西格玛病毒的存在，将会在不久的未来中为他和 ZERO 带来一场无法回避的命运之战。

洛克人豆知识

而关于兄弟机体一说，在《X3》的 BOSS 里有一个名叫“重力甲虫（グラビティービートブード）”的蓝色昆虫型机器人，实际上他是《X》BOSS“回力标锹甲虫（ブーメルクワンガー）”（红色昆虫型机器人）的亲弟弟，而剧情设定上则是因回力标锹甲虫被 X 干掉了，所以重力甲虫才要在本作报一箭之仇……恰好这些设定在后来的《洛克人 ZERO》系列中也近乎完美地还原了一遍，CAPCOM 真会玩。

《X》（上）与《ZERO》（下）的昆虫型机器人兄弟对比

X4：世界秩序的崩溃与ZERO的生存意义

尽管得知西格玛病毒的存在，但是猎人组织却没办法继续在这方面有这什么样的进展，于是此事件便不了了之。与此同时，政府也开始成立新的军事势力“Repliforce”。

不同于猎人组织那种主要针对异变机器人的组织，Repliforce 的存在是为了应对各种灾害的发生，且拥有海、陆、空三方面的精英部队，说是军队也不为过。当然，即便是功能各异，两组织还是有互相合作的机会，比如派遣实习生到各自的单位进行实习，这不猎人组织就增加了一个来自 Repliforce 的通信员实习生“爱丽丝（アイリス）”。也不知道是不是上天捉弄的缘故，竟然在这时候发生了多宗思考型机器人被“消除（イレイズ，Erase）”的事件，而且发生地点基本都与南大洋上的拉古斯大陆岛有关。

所谓的消除，就是指机器人的活动根源——DNA 程序若被某种力量抽取出来，机器人本身就会如同废铁般地失去所有机能，而且 DNA 程序还能够通过移植的手段传送到异变机器人身上，仿佛就像是灵魂般的存在……因此这种程序也被称为DNA灵魂（DNAソウル，类似《洛克人 ZERO》系列的精灵，官方未表面是否为同一物质）。

察觉到事情严重性的 X 和 ZERO，带着实习生爱丽丝，一同前往那座神秘的岛屿一探究竟，这就是掌机游戏《洛克人 X2 灵魂消除者》（ソウルイレイザー）的剧情概要。

《灵魂消除者》中的爱丽丝

和《电子任务》一样，《灵魂消除者》也是采用回忆杀主线剧情，最终的最终还是要打大黑幕西格玛。但不同于前者只是说明了兄弟机体的存在，《灵魂消除者》首先提出了机器人拥有自我灵魂的这个概念，为日后的《洛克人 ZERO》打下了基础；其次就是让《X》系列最悲情的女角色爱丽丝提前登场。为什么 ZERO 能够更顺利地使用 BOSS 的招式，除了自身拥有学习机能（ランニング）加成之外，最重要的 DNA 程序扫描是由爱丽丝完成的（DNA 灵魂的命名也是她），两人的感情线也是从这时候有了萌芽（但官方没在后来添加相关剧情），《X4》中 ZERO 要面对的对手是爱丽丝也是这个原因。

在解决了机器人消除事件没过多久，地球再度迎来了重大危机。猎人组织收到了相关情报，说是有诸多异变机器人侵占了新型空中要塞“天空潟湖（スカイラグーン）”，其中还有 Repliforce 的人参与协助，听闻此事的 X 和 ZERO 马上动身前往现场。然而当他们来到要塞核心动力炉的时候，发现这里早已被人破坏，同样在现场的第 14 部队成员熔岩火龙（マグマードドラグーン）告诉他们这里没救了，需要赶紧撤离……最终这座空中要塞还是坠落到地面，造成重大人员伤亡。

在这场灾害地的中心处，X 正在消灭残余的异变机器人，而ZERO则是拯救了受伤的爱丽丝，为什么她会在这里？Repliforce 真的是这场悲剧的幕后黑手吗？此刻，隶属 Repliforce 旗下的军人，同时也是 X、ZERO 的友人以及爱丽丝的哥哥的“卡内尔（カーネル）”，也赶往到现场查看情况。

面对着 X 和 ZERO 那些关于军队有否参与空中要塞坠落的质问，卡内尔表示一脸懵逼毫不知情，但当听到 X 他们说 Repliforce 有着异变的嫌疑，需要放下武器回猎人组织的司令部接受调查时，自尊心极强的卡内尔就不乐意了。一气之下，卡内尔留下了 Repliforce 决不放弃武力的宣言之后便离开了现场。几天后，Repliforce 总司令“将军（ジェネラル）”发表了独立国家的言论，与卡内尔一起煽动机器人创立一个不受人类迫害的国家，这下子可不是普通异变那么简单了，是政变啊！反乱猎人和 Repliforce 部队的战争一触即发，后人则称这场战争为“Repliforce 大战”。

在调查 Repliforce 政变的过程中，猎人组织多了不少人帮忙，其中就有一个叫“Double（意指双重身份）”的小胖子机器人以及之前协助过 X、ZERO 的爱丽丝，但同时也有一些人叛变了组织，比如此前在空中要塞相遇到的熔岩火龙，这到底是怎么回事？带着这些问题，X 和 ZERO 来到了熔岩火龙的隐藏地。

察觉到 X、ZERO 到来的熔岩火龙并没有听劝同僚的请求，他告诉 X 和 ZERO，空中要塞的坠落正是自己一手造成的，希望 X、ZERO 能够出尽全力将自己击倒。两人听罢，觉得背后这事有跷蹊，但熔岩火龙没有手下留情，不得已，还是把他破坏掉吧。最终，败北的熔岩火龙说明了自己是因为想要和 X、ZERO 对决才受到某人的影响，投靠于 Repliforce，并透露这个人可能是这次政变的黑手……

就算是这么说，关于某人的情报，猎人组织也仍旧没有任何头绪，而在这期间 X 和卡内尔还进行过一战，但结果也就只是纯粹的打架而已，并没有让事情好转。就在这时，组织里收到了重大情报， Repliforce 已经在宇宙港口集合，准备动身前往宇宙了。卡内尔就在宇宙港口，这场战斗绝对是在所难免的事情，但爱丽丝却不希望 ZERO 和自己的哥哥对决，只是 ZERO 终究没有听其劝告，与 X 前往宇宙港口。

在宇宙港口上，卡内尔果然阻止了 X、ZERO 的继续前进。出于军人的自尊，卡内尔二话不说向两人发动进攻，无论再如何手下留情，卡内尔的进攻丝毫没有减弱，ZERO 一下子忍不住气，用剑斩向卡内尔。

可能是下手太重的缘故，卡内尔最终没能救活回来，但是他的牺牲却成功拖出了猎人组织的步伐，让 Repliforce 成功占据了名为“最终兵器（ファイナルウェポン）”的宇宙要塞武器。回到司令部的两人知道此事后，立即前往最终兵器，但同时 Double 和爱丽丝两人都不见了，难道是去了宇宙了么？

历经千方百计之后，X 和 ZERO 来到了最终兵器内部，等待他们的则是之前失踪的 Double 和爱丽丝。原来 Double 本身是某人安插在 X 身边的间谍，但终究只是间谍，论实力不可能是 X 的对手；而爱丽丝则是出于内在机能的影响，加上卡内尔的死去，才会触发自身的武装形态对ZERO发动攻击。

武装形态下的爱丽丝是近乎无敌，ZERO 的任何攻击都对她无效，不过却能武装形态的水晶核心逐渐暴露出来，ZERO 见状后立马攻击其核心，爱丽丝终于停止了活动。

拥抱着仅存一丝气息的爱丽丝，ZERO感到懊悔不已，而当听到爱丽丝临走前最后的那句“希望和你创造一个只有机器人的世界”之时，更是令 ZERO 开始怀疑起自己的生存意义。

不同于卡内尔拥有强大的战斗力和对武力绝对依赖的精神，爱丽丝更多的是拥有感情的细腻与人类的“爱”。战斗力、爱，两者结合，才诞生出究极思考型机器人的实验产物，也就是卡内尔和爱丽丝，但这最终却成为了悲剧的起源，而造成这结局的，正是 Repliforce 的领导人将军所犯下的愚蠢行为……ZERO 是如此深信着。

暂时抛开悲伤与无奈之后，X 和 ZERO 向将军发起最后的挑战。面对两人的疑问，将军表示这只是为了创建属于机器人自己的国家而产生的必要牺牲在，要是想来战就放马过来吧。当然能说出这种话来，将军绝不是什么省油的灯，两人出尽全力也只能将其打至半废，可真是个难缠的对手。然而就在此时“最终兵器”的发火装置竟被某人启动了，这点就连将军本人也没料到，在确定将军没有更多的战斗力后，X 和 ZERO 便前往动力机关部准备兵器的破坏工作。

果然在事件的尽头，等待着 X 和 ZERO 的是系列永远的大魔头西格玛！这场战斗的根源也正是他好战之心所引起的，口中说是为了思考型机器人的时代，其实只是一心想消灭掉 X 的可能性……不过这回西格玛总算有机会再度和 ZERO 交手了，所以 X 什么的就不是本作的关键了。

机器人破坏系统（ロボット破壊システム），是存在于 ZERO 自身的隐藏机能，其作用十分明确，那就是为了消灭世上一切的思考型机器人（更多是莱特博士的机器人）。在 ZERO 和西格玛战斗的时候，就是因为西格玛把 ZERO 头上的水晶打碎，从而受到破坏系统所产生的病毒感染。西格玛本身又是属于高智能机器人，病毒（程序）通过进化，逐渐变成了如今的西格玛病毒。

作为一切起源的 ZERO 则因为这次事故，失去了发狂期间的记忆，而西格玛为了更好地监视 ZERO 的一举一动，才会将他安插到第 17 部队当中。也就是说，世界最具破坏性的不是西格玛，而是 ZERO！就连自己的旧友卡内尔和意中之人的爱丽丝都能痛下杀手，这就是最好的证明。

但是 ZERO 现在压根没有那份心情和西格玛开玩笑，而且地球目前正受到最终兵器的威胁，还是赶紧干掉西格玛，然后再处理最终兵器的事情。可惜的是即便西格玛再一次被击退，仅凭两人的力量无法快速地将最终兵器停止，此时半残的将军赶往过来，他表示愿意为自己犯下的愚蠢错误而赎罪，随后便利用自己的巨大身躯，和最终兵器的核心部一同自爆。

结局的最后，随着最终兵器的逐渐崩坏，这场近乎荒谬的 Repliforce 大战就此告一段落。发动政变的 Repliforce 受到了制裁，人员、军力大幅度削减，以至于在《X》系列后期几乎没被再度提及（但在《ZERO》初代有涉及相关剧情）；而猎人组织本身也进行了一轮换血，最高领导人对外宣布辞任（官方没说明是谁，按设定来看推测是凯恩博士），新领导人“西格纳斯（シグナス）”正式登场。X 一行人不再是独立行动，而是听从西格纳斯的指挥，继续进行反乱猎人的活动。

《X5》正式登场的西格纳斯

由于《X4》是系列首次实行双主角路线，因此结局的部分剧情也会根据角色的不同产生一小部分的变化：X 表示如果自己异变的话，希望 ZERO 能够亲手把自己消灭；而 ZERO 一方则是对西格玛的话产生疑问，自己到底为了什么而存在……这些内容可以说是为《X5》的剧情做了一个很好的铺垫。

至于这款曾被官方宣布为《X》系列最终作的游戏，才是将这个描述着机器人的地位、与人类相处的可能性以及 100 多年前不解之谜、未知存在“西格玛病毒”的故事引向高潮的存在……

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